இக்கோவிலில் இரண்டு பிராகாரங்களும், இரண்டு தல விருட்சங்களும் உள்ளன. முதல் பிராகாரத்தில் மணிகர்ணிகை தீர்த்தம், விசுவாமித்திர தீர்த்தம், விக்னேஸ்வர தீர்த்தம், சுப்பிரமணிய தீர்த்தம் ஆகியவை உள்ளன. மேலும், திருக்கோடி தீர்த்தமும் உள்ளது. இதிலிருந்துதான், இறைவனுக்கு அபிஷேகம் செய்ய நீர் எடுத்து உபயோகிக்கப்படுகிறது. வேதாரண்யம் ஊரில் உள்ள எல்லா கிணற்று நீரும் உப்புக்கரிக்க, ஆலயத்தின் உள்ளே இருக்கும் இக்கிணற்று நீர் மட்டும் நல்ல சுவையுடன் இருப்பது ஒரு அதிசயம்.
கங்கை, யமுனை, நர்மதை, சிந்து, காவேரி போன்ற புண்ணிய நதிகள் மணிகர்ணிகை தீர்த்தத்தில் நீராடி தங்கள் பாவங்களைப் போக்கிக்கொள்வதாக ஐதீகம். கோவிலின் நேர் எதிரே, கிழக்கே கடல் உள்ளது. இதை வேத தீர்த்தம், சந்நிதி தீர்த்தம் என்று அழைக்கின்றனர். இதில் அதிகாலை நீராடி, பின் ஊருக்குத் தெற்கே உள்ள கோடியக்கரையில் உள்ள ஆதிசேது எனும் கடல் தீர்த்தத்தில் நீராடினால், 100 முறை சேதுவில் நீராடுவதற்குச் சமம்.